保存科学配伍合理微生态制剂属于活菌制剂，若保存方法不好、保存条件不当，都会造成益生菌活菌数减少活菌失活，必须根据要求进行保存，一般应保存在干燥、凉暗的地方，适宜的保存温度在15℃以下为好，但不宜长时间存放。已经开启但未用完的微生态制剂，应在保持干燥、凉暗的同时，加强密封管理，因为氧气可使其中的厌氧菌失活。使用微生态制剂时，一般不要与抗生素及抑菌、杀菌药物混和使用，如果病情确实需要使用这些药物，也应间隔24小时以上先后使用。一般是先用抗菌性药物清理肠道，消除病原菌为益生菌的定植和繁殖清除障碍，然后再服用微生态制剂，这样就可以达到较好的使用效果。 时机合适剂量足够给刚出生的动物投喂微生态制剂引入益生菌，可尽快形成优势菌群，预防疾病、卫生保健的效果最好。在断奶、分群、长途运输、饲料更换、天气突变等应激条件下，动物体内微生态平衡常遭到破坏，若提前使用微生态制剂，对形成优势菌群也极为有利。使用微生态制剂，剂量必须足够，如：仔猪每克饲料含菌量应达到（2～5）×106个，育肥猪每克饲料应含106个芽胞杆菌，乳酸杆菌制剂含菌量一般不少于107个／克，每日应投喂0.1～3克。 尽早使用持之以恒微生态制剂的作用机理，是通过有益微生物大量繁殖，竞争性地抑制有害细菌的生长，同时还能刺激机体提高免疫力，从而起到防治畜禽疾病（尤其是胃肠道疾病）的作用，若发生疾病后再去使用微生态制剂，肯定不如使用抗生素效果明显。因此，要全面了解微生态制剂的作用机理和产品特性，正确对待作用效果：若是用于疾病控制，应预防为主，防治结合；若是用作饲料添加剂，要确保稳定性，掌握好剂量；若是用于改善环境，应尽早使用，持之以恒。
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