自然养猪法中垫料管理至关重要，不仅关系到垫料使用的年限，而且会影响猪群的健康状况。垫料管理的主要目的是使生猪的排泄物与垫料的处理能力达到平衡。在自然养猪的过程中，生猪的生长增重、气候和环境的变化，都可能影响垫料的运行。那么垫料的管理应该注意哪些问题呢？
（1）进猪后如发现猪跑动时有垫料粉尘扬起，证明垫料干燥，要用喷淋水做湿度调整，直至猪跑动时垫料不扬起粉尘。
（2）正常运行的垫料，其中心部应是无氨味，湿度在50%～60%，手握不成团，较松，温度在45℃左右；表层湿度在45%左右,温度与环境温度接近，一般为15℃～20℃；pH值7～8，否则不正常。
（3）注意排湿，垫料过湿,即表层超过45%，中心部垫料超过60%就会影响发酵效果，可采用自然通风或者强制通风的方法对圈舍垫料减湿，或添加较干的有机垫料调湿。
（4）如粪便比较集中时，要把比较集中的粪便分散开，或翻入表层垫料下20厘米～30厘米处，提高粪便降解速度。
（5）用药注意：垫料上不得使用化学药品和抗生素类药物，因其对功能微生物具有杀伤作用，会使微生物活性降低，不利于菌种正常活动。但垫料外和舍外环境可用消毒剂进行正常的消毒，以抑制垫料外部环境中有害菌的生长、繁殖。
（6）猪出栏后垫料的管理：猪出栏后将垫料重新堆积发酵十分重要，主要是利用发酵产生的生物热杀灭垫料中的杂菌，其作用相当于传统工艺的转群空栏后的冲洗消毒。
首先待生猪全部出栏后，用小型挖掘机或铲车（也可用人工）将垫料从底部彻底翻一遍，在堆积发酵前根据具体情况，可以适当补充新垫料和垫料发酵基，重新混合堆积发酵。
其次是将表层确定不能用的垫料清出，制成有机肥,重新按原料比例发酵新垫料，方法同垫料发酵操作方法。发酵结束后，摊开垫料，铺好发酵床，间隔24小时，确认表面不起粉尘，垫料温度平稳后即可再次进猪饲养。
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